本发明公开了一种大功率风电变流器多回路并联同步方法及系统，其中，一种大功率风电变流器多回路并联同步方法包括，主控制器根据控制时序生成同步源；通过曼彻斯特码编码器对同步源进行编码，生成同步报文；通过光纤收发器将同步报文发送至从控制器，通过从控制器中的从机产生从控制器的控制中断、采样和脉冲载波信号，进而完成主控制器与从控制器的同步；本发明通过设计主机和从机实现大功率风电变流器的多回路并联，并设计曼彻斯特码编码器实现变流器多回路的采样、控制和脉冲载波同步，解决了多个回路并联时谐波环流等问题，提高了大功率风电变流器多回路并联的可靠性和抗干扰性。