本发明公开了一种用于隧洞和明渠的结构缝表层止水结构及其施工方法，属于止水结构技术领域。一种用于隧洞和明渠的结构缝表层止水结构，包括：设置在结构缝表层的凹槽，凹槽中从结构缝内部至外部的方向依次设有找平层、支撑体、防渗层、防水层以及回填层；支撑体靠近找平层位置设有填料块，防渗层和防水层的两端均靠近凹槽的侧壁，防渗层和防水层通过支撑体和填料块支撑，并且截面均呈M型，回填层填充凹槽的侧壁与防水层形成的空间。本发明的表层止水结构具有较高的适应变形的能力，能够在内水压和外水压的作用下不变形、不损坏，同时，表层止水结构与提前施作的混凝土齐平，避免造成较大的水头损失，适用于隧洞和明渠的结构缝。