本发明提供一种基于光斑位置的激光聚焦点位置自动定位方法及系统，方法包括：确定参考光斑位置，所述参考光斑位置为指示光斜射在聚焦透镜的聚焦点位置处的光斑位置；将样品放置在三维移动平台后，调整样品与聚焦透镜的相对距离，获取样品上的指示光在样品上形成的实时光斑位置；调整样品与聚焦透镜的相对距离，使得实时光斑位置与参考光斑位置重合。本发明的基于光斑位置的激光聚焦点位置自动定位方法及系统，能够基于斜射的指示光的光斑位置实现LIBS系统精确定位，光斑位置的可参考性强，误差低。