本发明提供一种基于光斑面积的激光聚焦点位置自动定位方法及系统，包括：确定参考光斑面积，所述参考光斑面积为聚焦透镜的聚焦点位置处的指示光的光斑面积；将样品放置在三维移动平台后，调整样品与聚焦透镜的相对距离，获取样品在不同位置时的多个指示光的光斑面积，作为多个第一备选光斑面积；确定多个第一备选光斑面积中与参考光斑面积最接近的第一光斑面积；根据第一光斑面积确定与第一光斑面积相对应的第一样品位置，将第一样品位置作为自动定位结果。本发明的定位方法及系统能够基于光斑面积实现LIBS系统精确定位，光斑面积可参考性强，误差低。