本发明公开了一种基于CAN总线的智能IO出口自检方法及其系统，方法包括：智能IO上电初始化和CAN网初始化；智能IO程序启动自检函数，通过读取出口管脚电平状态，进行开出回路自检；根据开出回路自检的结果，得到对应的开出回路自检报文，通过CAN总线向CPU发送开出回路自检报文；CPU解析收到的CAN网报文，进行板卡故障定位。系统包括初始化模块，自检模块，报文发送模块和分析模块。当智能IO出现开出回路断线或开出回路击穿时，本发明通过CAN网自检报文分析哪一个板卡出现开出回路异常，实现快速定位继电保护装置硬件问题，以便运维人员及时更换，有效提高保护装置的可靠性，确保电力系统运行更安全，降低故障事故率。