本发明公开了一种核电厂应急电源控制系统及方法，该系统包括：直流母线、锂电池供电装置、太阳能供电装置、风能供电装置、氢气供电装置、系统工作电源、双电源自动切换开关以及能量管理装置；能量管理装置包括备用工况控制单元和应急工况控制单元，应急工况控制单元包括时间判断模块，用于判断进入应急工况的时间是否低于一时间阈值，并选择性地输出锂电池供电信号或辅助能源供电信号。本发明的核电厂应急电源控制系统及方法中，设置了三种清洁能源供电装置，并通过能量管理装置进行管理，保证供应应急电源的情况下，有效利用清洁能源供电、充电，提高系统可靠性、降低运维难度、降低电度成本、减少废气排放和噪音污染。