本发明提供了一种载荷数据填充存储方法和系统，包括：步骤1：接收载荷数据，并按照优先级将载荷数据进行存储；步骤2：开辟不同的缓存空间，对不同载荷数据进行分类存储；步骤3：在接收存储不同载荷数据的过程中，周期性记录不同载荷数据缓存空间的写指针；步骤4：在接收地面载荷数据填充指令后，查找最新写指针，生成对应的填充帧，并与载荷数据一起构成整页填充数据，按照优先级写入FLASH存储器；步骤5：在接收地面载荷数据回放指令后，查找相应载荷数据，将已经写入FLASH存储器的载荷数据进行回放。本发明实现了载荷数据不满足FLASH存储页数据的精准填充，提高了FLASH存储空间利用率。