本发明涉及燃料电池发动机技术领域，尤其是一种车用质子交换膜燃料电池功率控制方法和系统。该方法包括：根据当前的路况信息和车况信息计算整车需求功率；启动储氢罐单元为燃料电池堆供应氢气；若整车工况处于瞬态工况，启动储气罐单元为燃料电池堆供应氧气，若整车工况处于稳态工况，启动螺杆式空压机为燃料电池堆供应氧气；计算与整车需求功率匹配的燃料电池堆的供电功率以及反应所需的氢气流量和氧气流量，调节氢气流量、氧气流量以及燃料电池堆的内部气压。本发明根据燃料电池实际工况的需要，控制燃料电池系统空气端空气的输入源，从而使得发动机能够更优的应对各种工况，使得空气流量和空气压力的控制更加准确、及时和稳定。