本发明涉及微电网运行控制技术领域，公开了一种具有延时鲁棒性的微电网二次控制时钟同步方法，首先，建立各分布式电源本地硬件时钟模型，并引入修正系数得到校正后的逻辑时钟读数，接着在各个节点的本地采样时刻，将本地信息传递给邻居节点，当某节点接收到邻居节点信息时，采样本地信息，应用随机近似方法估计本地和邻居时钟的相对频率，并计算辅助变量信息，在此基础上，判断如果邻居时钟比本地更快或者离它们相同的参考节点更近，且同时满足事件触发条件时，更新本地时钟校正系数以实现与邻居时钟同步，最终，依据校正后的逻辑时钟确定二次控制时刻，建立分布式二次控制，提高控制性能，保障系统的安全稳定运行。