本发明公开了一种基于主站和终端保护协同的配网故障自愈方法及装置，通过接收到的故障发生时配电终端发送的开关变位信息和保护动作信息，结合配电网网络拓扑结构确定故障区段两端的开关，并根据配电终端发送的开关变位信息，使故障区段两端的开关分闸，隔离故障区段两端的开关之间的供电线路，再结合配电网网络拓扑结构，判断故障区段两端的开关中是否包括联络开关，当判断故障区段两端的开关中不包括联络开关时，控制联络开关合闸，恢复非故障区段的供电，从而避免了故障点上游非故障区段在故障后的失电，缩小了故障停电范围，同时减少了故障点下游供电恢复时间，提高了供电可靠性。