本发明涉及一种基于线性光采样的峰值提取方法及系统。该方法包括：利用数据采集卡采集平衡探测器输出的四路电脉冲信号；获取XI路信号前设定周期内绝对值最大的采样点；确定第一搜索区间，并获取第一搜索区间内绝对值最大的采样点；按照上述方法提取设定数目的峰值点，进而完成第一次峰值点的提取；根据XI路信号的峰值点的横坐标位置、脉冲频率以及脉冲周期内的采样点数确定第二搜索区间；根据第二搜索区间内绝对值最大的采样点提取XI路信号的峰值点，进而完成第二次峰值点的提取；再对剩余三路信号依次进行第一次峰值点的提取和第二次峰值点的提取，进而完成峰值点的提取。本发明能够降低计算的复杂度，从而提升峰值提取和脉冲频率的精准度。