本发明公开了一种纳米疏水阻锈剂及其制备方法。本发明所述纳米疏水阻锈剂由硅烷、有机阻锈分子、纳米组分、稳定组分及溶剂组分混合而成；有机阻锈分子选自羟基酰胺、糖苷酮、烷醇酰胺阻锈分子，所述稳定组分选自山梨醇酯、单硬脂酸甘油酯、季戊四醇酯、月桂酸酯、甲酸、乙酸、乙醇；所述溶剂组分为水。本发明所述钢筋阻锈剂通过硅烷在金属界面上形成Si‑O‑Fe共价键的同时硅烷分子通过SiOH基团之间的缩聚反应在金属表面形成具有Si‑O‑Si三维网状结构的硅烷膜，硅烷的疏水基团使水分不容易接触钢筋基体；有机阻锈小分子协同在钢筋表面强吸附作用实现对钢筋的保护，有效延缓混凝土钢筋的脱钝时间、降低钢筋锈蚀速率，实现对混凝土耐久性的提升和保障。