本发明属于环境微生物领域，具体涉及一株耐盐扣囊复膜孢酵母及其在高盐高COD污水处理中的应用。对于高盐高COD污水中的微生物高盐耐受性较差的问题，本发明提供一株耐盐扣囊复膜孢酵母(Saccharomycopsis fibuligera)，保藏于广东微生物菌种保藏中心，保藏编号为GDMCC No:61874。本发明还提供上述耐盐扣囊复膜孢酵母在高盐高COD污水处理中的应用。本发明提供的扣囊复膜孢酵母菌株盐度耐受范围为0％‑20％，并能够在3‑5％NaCl，初始COD不低于15000mg/L的条件下进行该COD的降解，出水可达可达《污水综合排放标准》GB8978‑1996三级。