本发明公开了一种菌种编号为Z‑9的Brevibacillus halotolerans的生防菌剂及其应用，通过从新疆图木舒克和阿拉尔棉花和红枣根际土壤分离得到的属于耐盐短芽孢杆菌属中的新菌Brevibacillus halotolerans Z‑9，菌株Z‑9对枣果黑斑病菌和棉花黄萎病菌抑菌圈直径分别为23.32mm和25.68mm，含有儿茶酚型铁载体，且为含异羟肟酸型铁载体为阴性，As/Ar比值最小值为0.682±0.021，产铁能力最高。利用菌株Z‑9制备的生防菌剂应用大田，棉花黄萎病和枣果黑斑病的病情指数均有所降低，分别为7.14和8.34，防治效果高达78.07％。表明本发明提供的菌种Brevibacillus halotolerans Z‑9及其制备的生防菌剂对枣果黑斑病和棉花黄萎病均有高效性，且无毒无致病性等副作用，对于枣果黑斑病和棉花黄萎病的生物防治具有广泛的应用价值。