本发明公开了基于广域保护系统的含光伏电源配电网故障区域定位方法，包括以下步骤：故障发生时，判断故障区域搜索方向，包括：判断三分支电路电流综合幅值的大小；根据电流综合幅值比较结果，判断故障区域搜索的正方向和反方向；对故障区域进行定位包括以下算法：构建网络关联描述矩阵；计算故障搜索反方向矩阵；根据搜索反方向矩阵对网络关联描述矩阵进行修订，得到故障判别矩阵P；分析判别故障发生区域。本方法提出的故障区域定位部分的矩阵算法对不断变化的网络拓扑结构有适应性，对网络拓扑结构的中间节点和边缘节点不作区分，并且在判据中能清楚分辨这两类节点，无矩阵相乘运算，运算量小，具有稳定性和通用性。