本发明提供一种适于水平井分段压裂的变穿深簇射孔枪及其应用方法，所述射孔枪包括：枪头、枪尾、枪体、弹夹以及射孔弹，所述枪头和枪尾分别连接于枪体的两端，所述弹夹设置于枪体内部，弹夹用于安装多个射孔弹；多个射孔弹的射孔穿深沿枪尾至枪头的方向逐渐减小。本发明通过使一段射孔枪各簇所装的射孔弹弹型有所区别，从b靶点向a靶点方向射孔弹穿深由大到小，各簇射孔裂缝的开启压力由大到小，可实现段内各簇射孔穿深不同，利于段内各簇射孔均匀起裂和延伸，大幅度提高水平井分段压裂改造体积。此外，每簇射孔弹的排列与传统的按相位排列不同，射孔弹按平面射孔排列，每两个或三个射孔弹段射在同一平面内，有利于簇内裂缝形成和延伸。