本发明具体涉及一种激光器频率差控制方法及系统，其中，方法包括：在FPGA中预设目标频率差；光耦合器接收通信系统中激光器发出的两路激光信号得到拍频信号，光电探测器接收两路激光信号并转换得到的电信号；FPGA将电信号转换为数字信号，并对数字信号作傅里叶变换，输出关于两路激光信号的变换序列；计算变换序列中每个点的功率值，并查找出功率值最大的点对应的频率点；利用频率点计算得到两路激光的实际频率差；将实际频率差与预设目标频率差进行比较，根据比较结果计算输出电压值，并将输出电压值反馈至伺服系统，伺服系统改变两路激光信号的频率。本发明可方便更改目标频率差且能够将频率差控制在任意值内，适用性好。