本发明提供了一种防止线路电抗器采用母线PT时匝间保护误动的方法及系统。获取线路空充开关断开后线路电容与线路电抗器发生RLC振荡过程中线路电抗器首端三相电流采样点值；根据三相电流采样点值，求解每相电流相邻采样点的梯度值；根据每相电流相邻采样点的梯度值，基于预设的梯度门槛值，分别计算三相振荡电流频率值；根据三相振荡电流频率值，求解任意两相振荡电流频率差的绝对值；根据任意两相振荡电流频率差的绝对值是否满足预设门槛值条件，判断线路电抗器是否发生匝间故障。本发明可以有效提高电抗器匝间保护的灵敏性及可靠性，能够有效防止线路电抗器采用母线PT时匝间保护误动的出现，同时能够对电抗器进行可靠全面的保护。