本发明提供一种鱼菜共生系统及其运行工艺，该系统包括鱼类养殖单元、培育架和水质净化单元，所述水质净化单元包括相互连接的沉淀池、过滤池和杀菌池，所述鱼类养殖单元通过第一管道与所述杀菌池连接，所述培育架设置在所述鱼类养殖单元的上部并与所述过滤池连接；其中，所述培育架与所述过滤池之间设有补充单元，所述补充单元包括加药泵和母液池，所述母液池与所述加药泵连接，所述加药泵连接所述培育架。将鱼类养殖与蔬菜、花卉和水草养殖进行结合，平衡了经济效应、生态效益。利用智能系统对上述鱼菜共生系统进行调控，实现成本可控智能生产，具有很好的推广前景。