本发明涉及水体修复领域，公开了黑臭水体底泥修复菌剂，包括如下质量份的原料，蓝细菌菌液5‑15份、酿酒酵母菌菌液5‑10份、地衣芽孢杆菌菌液10‑15份、亚硝化单胞菌菌液10‑15份、反硝化杆菌菌液10‑15份、氧化亚铁硫杆菌菌液6‑10份、脱氮硫杆菌菌液6‑10份。黑臭水体底泥修复菌剂原位生态修复的方法，包括如下步骤：S1：截污，沿水体宽度方向进行固体污染物拦截并对固体垃圾、石块及底泥腐殖质进行清理；S2：曝气；S3：种植沉水植物并安装水下光源；S4：复合菌剂投加，将负载有复合菌剂的多孔载体沉入水体内。本发明对黑臭水体底泥中硫化物、硝氮及氨氮处理效果好，且能够实现水下光源及氧的自给自足。