本发明提供了一种生物安全型洁净空调系统及控制方法，属于空调技术领域，包括洁净房间、送风系统、排风系统和控制器。洁净房间的进风口上设有送风电动阀，出风口上设有排风电动阀，洁净房间的内部设有压差检测单元；送风系统包括连接在洁净房间的进风口上的送风主管，送风主管上依次设有送风机单元和风速检测单元；排风系统包括连接在洁净房间的出风口上的排风主管，排风主管上依次设有排风机单元和风压检测单元。本发明提供的一种生物安全型洁净空调系统，通过检测洁净房间内的压差并进行调节，通过检测进风系统的进风速度并进行调节，通过检测排风系统的风压并进行调节，以满足洁净房间的压力梯度稳定和气流的定向流。