本发明提供变电站二次电压自动校验方法，属于电力通信技术领域。包括：将Ⅰ段母线PT和Ⅱ段母线PT的二次电压空开均设置为断开状态，将二次电压并列回路自动校验装置的第一母线输入输出接口与Ⅰ段母线电连接，将二次电压并列回路自动校验装置的第二母线输入输出接口与Ⅱ段母线电连接；发生三组正弦交流电压；将三组正弦交流电压输出至Ⅰ段母线；采样Ⅱ段母线的三相电压；对三相测试采样电压与三相测试电压进行核相，得出测试核相结果；测试核相结果为一致时，二次电压并列回路自动校验装置发送测试核相结果至服务器，并在Ⅰ段母线和Ⅱ段母线上电的状态下启动二次母线电压并列工作模式。本发明还提供变电站二次电压自动校验系统。