本申请涉及一种反应堆的运行控制方法、装置、计算机设备和存储介质。方法包括：获取核电厂运行时的原始热管段温度；对原始热管段温度中的高频小幅扰动部分进行滤波处理，得到目标热管段温度；高频小幅扰动部分的信号频率大于预设频率阈值，且高频小幅扰动部分的信号幅度小于预设幅度阈值；根据目标热管段温度控制核电厂的反应堆中的控制棒，以及根据目标热管段温度确定核电厂运行时的反应堆热功率。采用本方法能够可以同时解决核电厂稳态运行时控制棒频繁动作和热功率波动两个问题，算法和控制过程均比较简单。