本发明涉及一种继电保护装置主保护动作抗干扰方法及系统，通过对继电保护装置的主保护进行研究，主保护启动环节采取了判断是否满足稳态量启动条件和暂态量启动条件，稳态量启动条件和暂态量启动条件任一个条件满足，主保护均可启动逻辑判别流程，但必须稳态量启动元件动作，才允许开放保护装置的出口正电源；在定值满足出口条件后，还需要满足防止高频干扰判别条件，才允许主保护置动作出口标志，才允许保护装置出口跳闸。本发明针对开关电源输出的高次谐波，从保护判据和保护软件上对开关电源输出信号的可靠性进行识别，解决了目前变电站因保护装置开关电源异常导致保护装置误动作，给电网安全稳定运行带来风险的问题。