本发明公开了一种透明阻燃母粒及其制备方法和应用，该透明阻燃母粒包括以下重量份数的组分：聚苯乙烯树脂27‑78.5份，溴系阻燃剂20‑60份，阻燃协效剂0.5‑3份，稳定剂0.5‑5份，其他助剂0.5‑5份；其中，所述溴系阻燃剂为含脂肪族碳溴键的溴系阻燃剂；所述阻燃协效剂为耐高温自由基引发剂；所述稳定剂为含锡有机化合物。本发明针对特定的溴系阻燃剂，选用合适的阻燃协效剂和稳定剂，解决了阻燃剂加工热稳定性不足的问题，达到了阻燃效果，保留了基体树脂的光学透过特性；制备得到的透明阻燃母粒同时具有高透明度、热稳定性和优异的阻燃性能，可广泛用于建材保温、照明灯具和挤出光扩散板领域。