本发明公开了一种BBU备电时NVME硬盘控制系统及方法；控制系统包括PCIE Switch芯片，NVME硬盘的在位信号接口、复位信号接口及电源使能信号接口通过IO扩展器接到所述PCIE Switch芯片；NVME硬盘的在位信号接口与所述IO扩展器之间设有由CPLD芯片控制闭合和断开的开关；NVME硬盘的在位信号接口与所述IO扩展器之间外部设有上拉电阻；AC电源的Power Good信号接入CPLD芯片，用于触发BBU备电流程。本发明解决了BBU备电时NVME硬盘识别不到的问题，方法简单、实现方便，能够提高产品的稳定性。