本发明涉及潜水器水面支持设备技术领域，尤其涉及一种载人潜水器甲板轨道机构，解决了现有技术中的科考船只能搭载一台载人潜水器进行水下科考任务，甲板面仅铺设一条纵向轨道，只配备一辆负责输送转运的纵向轨道车，没有支持横向转运和换轨的设备，且可拆卸性不强，适用范围小的弊端的问题。一种载人潜水器甲板轨道机构，包括母船甲板，母船甲板的一侧固定连接有甲板纵向焊接垫块，且母船甲板的另一侧固定连接有甲板横向轨道。本发明在不改动母船甲板的情况下，具有较强的可拆装性，适用范围广，不仅能满足只搭载一台载人潜水器，还能满足同时搭载两台载人潜水器，有限位停止功能，保证其安全性。