本发明涉及一种基于非周期多级阵列的EHF卫星抗干扰方法，包括：基于阵列天线接收卫星信号，得到多级阵列卫星信号，将所述多级阵列卫星划分为N个子阵，得到一级子阵和二级子阵，所述一级子阵由M个阵元组成，然后以所述N个子阵为阵元构成所述二级子阵；计算所述二级子阵的非周期分布结果，确定子阵中心位置坐标，并根据配置输入的参数执行进化算法，寻找最优的子阵非周期分布结果。本发明中的非周期多级阵列提升波束分辨率，同时抑制栅瓣产生，有效解决了卫星通信面临的上行干扰问题。