本发明涉及发酵饲料技术领域，具体公开了一种微生物发酵饲料发酵系统，包括以下操作步骤：步骤一：将蒙脱石原料先粉碎处理，粉碎过100‑200目，然后送入到电子束辐照箱内进行电子束辐照‑激光冲击波耦合处理，完成后取出备用；步骤二：然后送入预处理罐内，然后加入改性液进行搅拌混合处理，搅拌转速为100‑500r/min，搅拌时间为30‑40min,得到预初料；步骤三：将预初料送入到电离罐内进行电离处理，电离结束，然后水洗、离心、干燥，得到蒙脱石基料。本发明得到的蒙脱石基料方便后续发酵处理，再与微生态制剂混合后，微生态制剂充分的分散到蒙脱石基料中，提高二者的发酵效率，发酵底料进一步的提高了二者的发酵效率。