本发明公开了一种烟囱防腐期间脱硫系统安全稳定运行方法，包括脱硫系统和以下步骤：检查烟气脱硫原烟气挡板处于“开”位，开启临时烟囱挡板，打开第一工业水泵、第二工业水泵和第三工业水泵进出口门，确认多台浆液循环泵正常运行；对脱硫系统设置跳闸连锁和跳闸逻辑，通知烟囱防腐人员，确认施工人员撤离后，启动机组；机组运行期间，控制工艺水水箱的水位处于正常水位；控制吸收塔液位保持在6.5m至7.5m，控制吸收塔石灰石浆液pH值保持在5.0至6.0。本发明，通过对脱硫系统增加跳闸连锁，保证系统的统一性和安全性；通过烟气换热器对吸收塔出口净烟进行加热，可以有效减少反应后温度低的烟气对主烟囱的腐蚀。