本发明提供了一种流域水环境中铜的慢性毒性预测与长期基准推导方法，属于水质基准技术领域，本发明获取长期水生态毒性数据，通过至少包括硬度、pH值和DOC值的环境参数对慢性毒性进行校正，获取每个物种的种平均慢性值并排序，获取各物种平均慢性值的累积概率，进行物种敏感度分布模型拟合，通过指标评价，在多个拟合模型中选择最优的拟合模型，并通过该拟合模型获取铜长期水质基准。本发明引入显著影响铜毒性的水质参数硬度、pH值、DOC值三个水体环境参数，建立最优分布的物种敏感度分布曲线，通过水质参数模型校正方法反映真实水环境中铜的环境行为和毒性效应，科学、完善、简单地推导了淡水水生生物区系特征的水质基准。