本发明公开了一种中压侧小电流系统单相接地短路故障定位方法及系统。本发明采用的技术方案为：通过配变终端量测数据，汇总全部测量数据得到全部低压台区配变终端某时段内零序电流数据，提取零序电流时间序列；计算全部低压台区配变终端某时段内零序电流时间序列的相关系数，确定故障线路位置；当中性点不接地系统发生单相接地短路时，通过对平均电压的分析，确定故障线路相位。本发明通过低压配网智能配变终端监测信号，通过数据挖掘技术对中压侧的故障信号进行提取并计算处理，通过多点监测信号对比，建立针对中压配网小电流接地系统故障选线方法判据体系。本发明定位故障点位置所需的成本低、准确性高、可操作性好。