本发明提供一种通信系统信号同步方法及系统，方法包括：将目标接收信号与本振信号相乘，并将相乘后的信号输入中频滤波器；将经中频滤波器之后的信号输入到并行捕获模块，以获取目标匹配信号；根据相关峰的位置，对所述目标匹配信号进行同步；其中，所述目标接收信号是根据将跳扩频信号经通信系统传输后的接收信号确定的。所述系统执行所述方法。本发明基于快速跳扩频信号的自身特点，实现快速跳扩频信号的同步接收，从而保障具有高保密性和强抗干扰性的信号传输。