本发明公开了一种基于声磁同步测量的微型单站闪电定位系统及方法。其中方法为：磁场测量模块测量闪电释放出的磁场信号；触发模块探测磁场信号并触发磁场信号、声波信号的采集、存储；对闪电产生入射电磁波时的方位角进行去多值性处理，计算得到闪电发生位置的真实方位角；计算声波信号到达两个电容式麦克风的时间差；根据闪电发生位置的真实方位角和声波信号到达两个电容式麦克风的时间差计算雷电发生的具体位置。利用磁场传感器和声波传感器对闪电进行同步测量，解决了磁定向方法的多值性问题，并基于时间差法对闪电进行了定距，提供了一种安装快速、维护方便、机动性强、成本低的微型单站闪电定位系统。