本发明公开了一种二向混合建模矿区土壤含水量数据缺失修复方法，其方法如下：A、将整幅矿区土壤含水量影像像元点分别为已知像元和缺失像元，B、根据缺失像元Bj所对应的驱动因子集信息通过预测模型得到缺失像元的预测土壤含水量C、采用地理加权回归模型GWR构建已知像元的关联模型，D、用已知像元的实际土壤含水量SMAi减去模型拟合土壤含水量并得到误差εi再做普通克里金插值计算得到潜在误差εBj，E、根据缺失像元的预测土壤含水量并结合潜在误差εBj对缺失像元按照如下公式进行缺失误差修正。本发明能够提升单独用正向建模预测缺失像元的精度，尤其是在较大面积的缺失情况下正向建模无法覆盖缺失区域，能够高精度修复较大面积成块缺失数据。