本发明公开了一种STATCOM相间直流电压均衡控制方法及系统，方法包括：基于电网的三相不平衡时的基波负序电压、电网的中性点电压、STATCOM输出的基波正序电流，计算得到STATCOM的三相的功率前馈项；基于STATCOM的三相的每个子模块的直流侧电压，计算得到STATCOM的三相的偏差功率；根据STATCOM的三相的功率前馈项、STATCOM的三相的偏差功率、STATCOM输出的基波正序电流，反向计算得到零序电压幅值和相角，零序电压幅值和相角作为需注入到电网的零序电压的幅值和相角，从而基于前馈控制与反馈控制结合下，实现相间直流电压均衡。