本申请提出了一种流体冲刷海底管道的三维数值模拟方法和系统，该方法包括：在CFD模拟软件中建立模拟任务；设置模拟任务所需的物理模型和物理参数，并导入流体的类别和属性；建立海底管道的三维冲刷模型，三维冲刷模型包括管道组件、沙床组件和流体组件，在管道组件下方设置一个诱导坑；对三维冲刷模型的计算域进行网格划分，并设置初始条件和边界条件；确定求解数值的计算方法，设置计算时间步长；运行模拟计算，获得海底管道周围的流场信息，并模拟出冲刷坑的扩展变化过程。该方法可以同时计算出管道周围的流场变化和沙床冲刷形态的变化，有利于分析冲刷坑的纵向扩展速率，并确定漩涡发生的位置，有效避免管道产生涡激共振，提高管道的安全性。