本申请提供了一种双源内窥手术导航系统及方法，涉及手术导航技术领域，其技术方案要点是：包括：荧光内窥导航模块，用于获取目标的荧光图像，并确定所述目标的手术位置；三维导航模块，用于构建所述目标的三维模型以及跟踪所述荧光内窥导航模块的位置，并在所述三维模型中建立所述荧光内窥导航模块的模型，所述荧光内窥导航模块的位置与手术工具的位置关联；显示模块，用于显示所述荧光图像、所述荧光内窥导航模块以及所述手术工具在所述三维模型中的位置。本申请提供的一种双源内窥手术导航系统及方法具有提高手术操作准确度和手术成功率的优点。