本发明公开了MTBE生产系统的改造及开车方法，包括以下步骤，S1：对MTBE生产系统进行改造；在醚后碳四输送泵与再生碳四进装置和碳四‑甲醇混合器连接管线之间加装第一跨线；在醚后碳四输送泵与碳四原料罐之间加装第二跨线；在催化蒸馏塔上加装不合格品回炼流程；S2：甲醇萃取塔与甲醇回收塔之间的热循环系统开车；S3：醚后碳四输送泵与再生碳四进装置和碳四‑甲醇混合器连接管线之间的第一跨线流程开车；S4：醚后碳四输送泵与碳四原料罐之间的第二跨线开车；S5：催化蒸馏塔不合格品回炼流程开车；S6：醚化反应器开车，引原料进装置。本发明能够解决反应系统中浸泡、淋洗催化剂产生的多余甲醇回收问题，产出合格的MTBE产品，达到短时间开车成功的目的。