本发明公开了一种胶粉微波脱硫设备的介质片清洗系统，包括控制器、微波振幅监测仪、在线微波等离子清洗装置及介质片自动更换清洗装置，微波振幅监测仪检测介质片上下两侧微波振幅，当两者差值大于设定值时，控制器驱动在线微波等离子清洗装置对微波导管内介质片进行在线不停机清洗，当介质片两端微波振幅的差值小于设定值时，在线清洗结束；当在线清洗后介质片两端微波振幅的差值仍然大于设定值时，控制器向胶粉微波脱硫设备发出停机信号并驱动介质片自动更换清洗装置对介质片进行自动更换，并线下清洗污染的介质片。本发明自动化程度高，运行精准稳定，节省脱硫的工作时间，通过自动化管理达到节约工作时间的目的，极大地提升了胶粉脱硫的工作效率。