本发明公开了一种用于检测施氏鲟线粒体基因的引物探针组合物、试剂盒及其应用。本发明首先公开了用于检测施(史)氏鲟线粒体基因D‑LOOP的引物探针组，序列如SEQ ID NO.1～3所示。本发明还公开基于所述引物探针组建立的检测施(史)氏鲟线粒体基因D‑LOOP的方法。本发明以施(史)氏鲟线粒体基因D‑LOOP部分基因作为靶区域设计引物和TaqMan‑MGB探针，建立并优化得到可检测施(史)氏鲟线粒体基因的方法，该方法快速、灵敏和特异，可用于纯种鲟鱼的鉴定，具有较为广阔的应用前景。