本发明公开了一种短长壁间断充填开采协同碱基固废CO2封存系统及方法，其封存系统包括CO2封存结构、碱基固废及CO2管道输送系统和CO2封存监控系统；其封存方法包括步骤：一、准备好待处置的碱基固废和待封存的CO2；二、设计好短‑长壁间断充填无煤柱开采方法；三、对开采区间采用短‑长壁间断充填无煤柱开采方法进行开采，并在开采过程中构筑CO2封存结构，连接碱基固废及CO2管道输送系统和CO2封存监控系统；四、将待处置的碱基固废和待封存的CO2输送到CO2封存结构中。本发明丰富了CO2封存类型，为CO2封存储库探索提供了新思路，可安全有效封存CO2，减小CO2排放量，缓解碳排放造成温室效应对人类的影响。