本发明公开涉及无人机航测的技术领域，尤其涉及输电线路隐患净空距离无人机航测方法及系统。其方法包括：首先采集从隐患所在线路侧方采点获取两端线夹与弧垂点相对位置关系，并计算测量弧垂，然后垂直于线路方向制定的航测方案采点计算隐患净空距离测量值，根据弧垂与隐患净空距离采点数据计算隐患位于该档导线中的相对位置，结合测量环境与线路参数分析极端条件下隐患净空距离数值，最终根据输电线路运行规程判定是否满足运行要求。根据该方案制作软件程序应用于无人机飞控平台上，实现测量与分析过程的自动化进行，建立输电线路隐患净空距离无人机航测分析系统。