本发明公开了一种串联供电变电站的备用电源自动投入协同控制方法及系统，本发明包括针对采用双电源串联供电运行方式的两座变电站，分别根据变电站的设备状态和闭锁条件来分别是否满足本地备用电源自动投入充电条件以及远方备用电源自动投入充电条件，并实现两座变电站中备用电源的自动投入协同控制。本发明能够方便地实现两座变电站中备用电源的自动投入协同控制，高效、可靠且经济性地实现串联供电变电站备用电源自动投入协同控制，在每座站既能实现常规备自投装置具备的本地备自投功能，也能通过简单的开关量信号远传通信实现两站支持系统的协同控制，可有效解决两座变电站采用双电源串联供电运行方式下电源线路故障后的变电站整站停电风险。