本发明涉及钻井液处理剂技术领域，本发明提供了一种生物质主乳化剂、其制备方法和应用，该制备方法包括以下步骤：将长链脂肪酸甲酯、短链脂肪酸甲酯和多胺混合，在复合脂肪酶催化条件下于溶剂中进行反应，得到酰胺类生物质主乳化剂；所述长链脂肪酸甲酯的碳原子数在13以上；所述复合脂肪酶中的酶分别作用于长链脂肪酶甲酯和短链脂肪酸甲酯。本申请反应体系中主要用生物酶催化替代化学催化，可以降低反应温度，减少能耗，而且脂肪酶选择性、专一性强，因此提高了反应转化率，副产物少，产品性能好。本发明方法制备条件温和，制备工艺高效，绿色、环保，可减少三废的产生，生成的甲醇可重复利用生产脂肪酸甲酯。