本发明公开了一种水稻镉低积累分子标记，其核苷酸序列以日本晴水稻的基因组为参考基因组，其包含位于第7号染色体8874101‑8874103的位置有CTG三个碱基的缺失，其最终得到了一种水稻R001‑OsNramp5突变型基因，该基因CDS区包含有特定的核苷酸序列或者氨基酸序列；本发明还提供一种分子标记检测试剂盒，包括一设计的引物对；以及基于该检测试剂盒的快速鉴定方法，还提供了该分子标记或突变型基因在作物分子辅助育种或品种改良中的应用以及相应的KASP分型引物，本发明可减少培育镉低积累水稻工作量并缩短培育周期，具有简便、快速、高通量等优点。