一种继电保护主站的智能告警方法及系统，所述方法包括：继电保护主站采集变电站内的继电保护设备的运行数据，对继电保护设备进行主动诊断并接收其自检告警信息，由主动诊断结果和自检告警信息共同构成原始告警信息；从原始告警信息中提取初级告警信息，将各种初级告警信息划分为不同的告警群；基于专业知识库，根据各告警群中的初级告警信息，形成告警群总标题及告警处理措施，通过继电保护主站推送给运维人员。本发明能够对继电保护设备运行情况进行感知及主动诊断，结合继电保护设备自检告警信息和主动诊断，实现对继电保护设备异常感知的全面覆盖，并对异常进行分群告警，并构建简洁易懂的分群告警描述，有效支撑继电保护设备的运维工作。