本发明提供的一种变压器切换方法及变压器切换系统，该方法包括：接收变压器投入运行指令；闭合待投入变压器的第三绕组与辅助系统的连接开关；闭合启动电阻两侧开关，将启动电阻串联连接至正常运行变压器的第三绕组，并通过启动电阻为待投入变压器充电；闭合待投入变压器一次侧开关；闭合待投入变压器二次侧开关；断开启动电阻两侧开关，将启动电阻退出运行。通过将启动电阻串联连接至两个变压器及的第三绕组，在充电过程中，正常运行的变压器通过启动电阻为待投入变压器进行充电。在充电过程中，通过启动电阻上产生的压降，降低充电时的变压器绕组电压，从而减小变压器励磁涌流。