本发明公开了一种高纯石英砂的制备方法，包括以下步骤：将初步挑选的石英碎块通过高压脉冲进行破碎，破碎成粒径小于1cm的石英颗粒；进行色选，得到正色石英颗粒；进行棒磨制砂以及筛分，得到100‑200μm粒径的石英砂；进行酸浸、离心脱酸，之后用去离子水清洗至中性，然后用超纯水冲洗，最后进行脱水、干燥；对干燥后的石英砂进行磁选除杂，得到所述高纯石英砂。本发明改善了传统工艺中破碎、磨矿引入大量外源性杂质、焙烧水淬高耗能的问题，通过该工艺可大大减少生产中的粉尘，降低磨矿功耗，改善车间工况。杂质在脉冲作用下于晶界处富集并暴露出来，降低了提纯难度，缩短提纯路径，提高了提纯效率。