本发明公开了一种适用于上土下岩地层的混凝土墩锚基础及其施工方法，涉及岩土工程技术领域，提供一种基础，不需要开挖较大的岩石工程量，对岩石质量要求不高，能够较好适应上土下岩地区的自然环境。本发明的主要技术方案为适用于上土下岩地层的混凝土墩锚基础，其包括：基础承载台和多个锚栓；所述基础承载台浇筑在基岩上表面，所述基础承载台内预埋有环形钢筋骨架，所述基础承载台和基岩设有一体贯通的多个钻孔，多个所述钻孔位于所述环形钢筋骨架的中心区域；多个所述锚栓的下端侧分别贴焊有锚筋，每一个所述锚栓的下端对应插放于其中一个所述钻孔内，所述锚栓通过灌浆料与所述基础承载台和所述基岩连成整体。